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一、蛋白質數(shù)據(jù)庫

1. UniProt (The Universal Protein Resource) 
  網(wǎng)址：http://www.uniprot.org/
            http://www.ebi.ac.uk/uniprot/
  簡介：由EBI(歐洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息資源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成，提供詳細的蛋白質序列、功能信息，如蛋白質功能描述、結構域結構、轉錄后修飾、修飾位點、變異度、二級結構、三級結構等，同時提供其他數(shù)據(jù)庫，包括序列數(shù)據(jù)庫、三維結構數(shù)據(jù)庫、2-D凝聚電泳數(shù)據(jù)庫、蛋白質家族數(shù)據(jù)庫的相應鏈接。

2. PIR(Protein Information Resource)
  網(wǎng)址：http://pir.georgetown.edu/
  簡介：致力于提供及時的、高質量、最廣泛的注釋，其下的數(shù)據(jù)庫有iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort，與90多個生物數(shù)據(jù)庫(蛋白家族、蛋白質功能、蛋白質網(wǎng)絡、蛋白質互作、基因組等數(shù)據(jù)庫)存在著交叉應用。

3. BRENDA(enzyme database)
  網(wǎng)址：http://www.brenda-enzymes.org
  簡介：酶數(shù)據(jù)庫，提供酶的分類、命名法、生化反應、專一性、結構、細胞定位、提取方法、文獻、應用與改造及相關疾病的數(shù)據(jù)。

4. CORUM(collection of experimentally verified mammalian protein complexes)
  網(wǎng)址：http://mips.gsf.de/genre/proj/corum/index.html
  簡介：哺乳動物蛋白復合物數(shù)據(jù)庫，提供的數(shù)據(jù)包括蛋白復合物名稱、亞基、功能、相關文獻等

5. CyBase(cyclic protein database)
  網(wǎng)址：http://research1t.imb.uq.edu.au/cybase
  簡介：環(huán)狀蛋白數(shù)據(jù)庫，提供環(huán)狀蛋白的序列、結構等數(shù)據(jù)，提供環(huán)化蛋白預測服務。

6. DB-PABP
  網(wǎng)址：http://pabp.bcf.ku.edu/DB_PABP/
  簡介：聚陰離子結合蛋白數(shù)據(jù)庫。聚陰離子結合蛋白與聚陰離子的互作在胞內定位、運輸、蛋白質折疊等生命過程中起重要作用，此外許多與神經(jīng)衰退疾病相關的蛋白質均為聚陰離子結合蛋白。該數(shù)據(jù)庫提供已被鑒定的聚陰離子結合蛋白的數(shù)據(jù)，與NCBI蛋白數(shù)據(jù)庫存在交叉應用。

7. IUPHAR-DB
  網(wǎng)址：http://www.iuphar-db.org
  簡介：G蛋白偶聯(lián)受體、離子通道數(shù)據(jù)庫。提供這些蛋白的基因、功能、結構、配體、表達圖譜、信號轉導機制、多樣性等數(shù)據(jù)。

8. GLIDA
  網(wǎng)址：http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/
　簡介：G蛋白偶聯(lián)受體-配體數(shù)據(jù)庫，提供G蛋白偶聯(lián)受體-配體互作數(shù)據(jù)、配體數(shù)據(jù)、G蛋白偶聯(lián)受體數(shù)據(jù)、同源受體關系網(wǎng)、保守識別區(qū)，為新藥發(fā)現(xiàn)提供了支持。

9. LOCATE
  網(wǎng)址：http://locate.imb.uq.edu.au/
  簡介：哺乳動物蛋白質亞細胞定位數(shù)據(jù)庫

10. InterPro
  網(wǎng)址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/
  簡介：蛋白質綜合數(shù)據(jù)庫，從大量的數(shù)據(jù)庫中整合而成的包括蛋白質結構域、蛋白質家族、功能位點等信息的數(shù)據(jù)庫。

11. OKCAM
  網(wǎng)址：http://okcam.cbi.pku.edu.cn
  簡介：人體細胞粘附分子數(shù)據(jù)庫。

二、蛋白質組數(shù)據(jù)庫
1. GELBANK 
  網(wǎng)址：http://gelbank.anl.gov
  簡介：提供全基因組的二維凝膠電泳圖譜，搜集了已知基因組信息生物的蛋白質組二維凝膠電泳圖?？赏ㄟ^描述相對分子質量、等電點和蛋白質序列信息進行快速檢索。

2. SWISS-2DPAGE
  網(wǎng)址：http://www.expasy.org/ch2d/
  簡介：提供人類、小鼠、大腸桿菌、釀酒酵母、盤基網(wǎng)柄菌的2D-PAGE參考圖。

3. SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)
  網(wǎng)址：http://pimp.starflr.info/
  簡介：通過質譜技術建立的蛋白質突變數(shù)據(jù)庫。當?shù)鞍踪|某一氨基酸殘基發(fā)生改變時，其質譜圖也會發(fā)生改變，通過蛋白質質譜圖的改變，檢測與疾病相關的突變。

4. Sys-BodyFluid
  網(wǎng)址：http://www.biosino.org/bodyfluid/
  簡介：人體體液蛋白組研究數(shù)據(jù)庫。提供人體各種體液的蛋白質組數(shù)據(jù)，包括血漿/血清、尿液、乳汁、淚、汗液、唾液、骨髓液、腦脊液、胃液等。

5. BloodExpress
  網(wǎng)址：http://hscl.cimr.cam.ac.uk/bloodexpress/
  簡介：小鼠造血過程基因表達數(shù)據(jù)庫

6. CentrosomeDB(human centrosomal proteins database)
  網(wǎng)址：http://centrosome.dacya.ucm.es
  簡介：人體中心體蛋白數(shù)據(jù)庫

7. ConsensusPathDB
  網(wǎng)址：http://cpdb.molgen.mpg.de
  簡介：人類功能作用網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫，與多個數(shù)據(jù)庫有交叉應用，提供蛋白質互作、生化反應、基因調控等作用網(wǎng)數(shù)據(jù)。

8. Proteome Analysis Database
  網(wǎng)址：http://www.ebiac.uk.proteome/
  簡介：蛋白質組分析數(shù)據(jù)庫

9. HPRD(Human Protein Reference Database)
  網(wǎng)址：http://www.hprd.org/
  簡介：人體蛋白文獻數(shù)據(jù)庫

10. NOPdb
  網(wǎng)址：http://www.lamondlab.com/NOPdb3.0/
  簡介：核仁蛋白組數(shù)據(jù)庫

11. EndoNet
  網(wǎng)址：http://endonet.bioinf.med.uni-goettingen.de/ 
  簡介：細胞通訊網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫，提供激素、激素受體相關信息

三、蛋白質互作、蛋白質網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫
1. 3DID(3D interacting domains)
  網(wǎng)址：http://3did.irbbarcelona.org
            http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/
  簡介：搜集3D結構已知的蛋白質的互作信息，可通過結構域名稱、基序名稱、蛋白質序列、GO編碼、PDB ID、Pfam編碼進行檢索。

2. DOMINE
  網(wǎng)址：http://domine.utdallas.edu
  簡介：結構域互作數(shù)據(jù)庫。

3. PiSite(Database of Protein interaction sites)
  網(wǎng)址：http://pisite.hgc.jp
  簡介：以PDB為基礎，在蛋白質序列中搜尋互作位點。

4. Binding MOAD
  網(wǎng)址：http://www.BindingMOAD.org
  簡介：致力于提供蛋白質-配體晶體結構數(shù)據(jù)信息。提供結構已知的蛋白質的相關配體，并附有詳細注釋，同時提供由實驗而得的親和力數(shù)據(jù)。

5. Phospho.ELM
  網(wǎng)址：http://phospho.elm.eu.org
  簡介：蛋白質磷酸化位點數(shù)據(jù)庫

6. SuperSite
  網(wǎng)址：http://bioinformatics.charite.de/supersite
  簡介：蛋白質中代謝物、藥物結合位點數(shù)據(jù)庫，提供結合機制、識別機制、保守結合位點等信息。

7. STITCH
  網(wǎng)址：http://stitch.embl.de/
  簡介：蛋白質-化合物作用網(wǎng)數(shù)據(jù)庫

8. Reactome
  網(wǎng)址：http://www.reactome.org
  簡介：人體生命活動路徑與過程數(shù)據(jù)庫，提供生化過程網(wǎng)絡圖，并對參與其中的蛋白質分子有詳細注解，與其他數(shù)據(jù)庫如UniPort、KEGG、OMIM等建立了廣泛的交叉應用。

9. PID(Pathway Interaction Database)
   網(wǎng)址：http://pid.nci.nih.gov
   簡介：由NCI和Nature共同創(chuàng)立，提供已知的人體細胞信號轉導、調節(jié)活動及主要細胞生命過的蛋白質路徑網(wǎng)，可通過輸入某個分子名或代謝過程名稱進行查詢。

10. UniHI(Unified Human Interactome database)
  網(wǎng)址：http://www.unihi.org
  簡介：人體蛋白-蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫，可根據(jù)蛋白質名稱、代謝路徑等進行查詢。

11. VirHostNet
   網(wǎng)址：http://pbildb1.univ-lyon1.fr/virhostnet/index.php
   簡介：病毒-宿主分子互作網(wǎng)數(shù)據(jù)庫，提供病毒-宿主蛋白質互作信息及這些蛋白質的相關注釋。可通過輸入基因、蛋白質、路徑等關鍵詞進行查詢。

12. Bionemo(molecular information on biodegradation metabolism) 
  網(wǎng)址：http://bionemo.bioinfo.cnio.es
  簡介：搜集與生物降解代謝相關的蛋白質、基因數(shù)據(jù)，包括蛋白質序列、結構域、結構；基因序列、調控元件、轉錄單元等信息。除此之外還包括生物降解的代謝路徑圖、相關生化反應等。

13. PMAP
   網(wǎng)址：http://www.proteolysis.org
   簡介：蛋白質水解路徑數(shù)據(jù)庫

四、蛋白質三維結構數(shù)據(jù)庫

1. PDB(Protein Data Bank)
  網(wǎng)址：http://www.rcsb.org/pdb
  簡介：生物大分子結構數(shù)據(jù)庫，提供蛋白質、核酸等生物大分子的三維結構數(shù)據(jù)、序列詳細信息、生化性質等。

2. SARST (Structural similarity search Aided by Ramachandran Sequential Transformation)
  網(wǎng)址：http://sarst.life.nthu.edu.tw/ 
  簡介：高效的蛋白質結構比對數(shù)據(jù)庫

五、蛋白質基序數(shù)據(jù)庫

1. CDD(Conserved Domain Database)
  網(wǎng)址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
  簡介：蛋白質的功能與其結構密切相關，一個蛋白質的保守結構域在一定程度上體現(xiàn)了該蛋白質的功能。CDD，蛋白質保守結構域數(shù)據(jù)庫，收集了大量保守結構域序列信息和蛋白質序列信息。檢索者通過CD-Search服務，可獲得蛋白質序列中所含的保守結構域信息，從而分析、預測該蛋白質的功能。 

2. Blocks
  網(wǎng)址：http://blocks.fhcrc.org
  簡介：蛋白家族保守區(qū)對比數(shù)據(jù)庫

3. CPDB(database of circular permutation in proteins)
  網(wǎng)址：http://sarst.life.nthu.edu.tw/cpdb
  簡介：蛋白質環(huán)形序列重組基序數(shù)據(jù)庫。蛋白質的環(huán)形序列重組(Circular permutation, or CP)可看作是原來的N與C端被接在一起，然后在另一處產(chǎn)生新開口。 雖然當前已有很多知名的蛋白質家族被發(fā)現(xiàn)有CP成員，而且也有研究指出蛋白質結構資料庫中可能存在著不少CP實例，高效率的CP搜尋工具卻很罕見。CPSARST提供了一套有效的CP搜尋工具。

4. MegaMotifbase
  網(wǎng)址：http://caps.ncbs.res.in/MegaMotifbase/index.html
  簡介：蛋白質基序家族、超家族數(shù)據(jù)庫，提供已知基序的3D定位圖、轉角距等數(shù)據(jù)。

5. Minimotif Miner
  網(wǎng)址：http://mnm.engr.uconn.edu
  簡介：蛋白質基序檢測數(shù)據(jù)庫，提供在蛋白質序列中尋找基序的服務。

6. Pfam
  網(wǎng)址：http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam
  簡介：提供多序列比對服務和并提供共同的蛋白質結構域的隱馬爾可夫模型。
  
六、預測類數(shù)據(jù)庫

1. InterPreTS(Interaction Prediction through Tertiary Structure)
  網(wǎng)址：http://www.russell.embl.de/cgi-bin/interprets2
  簡介：提供通過三級結構預測蛋白質相互作用的服務，可輸入兩個蛋白質的序列信息進行查詢。

2. Predictome
  網(wǎng)址：http://predictome.bu.edu
  簡介：預測蛋白質間功能關系的數(shù)據(jù)庫。這些蛋白質間的關系是基于將3種計算機預測法，即染色體相鄰法、系統(tǒng)發(fā)育譜法、結構域融合法應用與44個基因組上而得到的。  

來源：生物秀論壇