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一、蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫

1. UniProt (The Universal Protein Resource) 
  網(wǎng)址：http://www.uniprot.org/
            http://www.ebi.ac.uk/uniprot/
  簡介：由EBI(歐洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息資源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成，提供詳細的蛋白質(zhì)序列、功能信息，如蛋白質(zhì)功能描述、結(jié)構域結(jié)構、轉(zhuǎn)錄后修飾、修飾位點、變異度、二級結(jié)構、三級結(jié)構等，同時提供其他數(shù)據(jù)庫，包括序列數(shù)據(jù)庫、三維結(jié)構數(shù)據(jù)庫、2-D凝聚電泳數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)家族數(shù)據(jù)庫的相應鏈接。

2. PIR(Protein Information Resource)
  網(wǎng)址：http://pir.georgetown.edu/
  簡介：致力于提供及時的、高質(zhì)量、最廣泛的注釋，其下的數(shù)據(jù)庫有iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort，與90多個生物數(shù)據(jù)庫(蛋白家族、蛋白質(zhì)功能、蛋白質(zhì)網(wǎng)絡、蛋白質(zhì)互作、基因組等數(shù)據(jù)庫)存在著交叉應用。

3. BRENDA(enzyme database)
  網(wǎng)址：http://www.brenda-enzymes.org
  簡介：酶數(shù)據(jù)庫，提供酶的分類、命名法、生化反應、專一性、結(jié)構、細胞定位、提取方法、文獻、應用與改造及相關疾病的數(shù)據(jù)。

4. CORUM(collection of experimentally verified mammalian protein complexes)
  網(wǎng)址：http://mips.gsf.de/genre/proj/corum/index.html
  簡介：哺乳動物蛋白復合物數(shù)據(jù)庫，提供的數(shù)據(jù)包括蛋白復合物名稱、亞基、功能、相關文獻等

5. CyBase(cyclic protein database)
  網(wǎng)址：http://research1t.imb.uq.edu.au/cybase
  簡介：環(huán)狀蛋白數(shù)據(jù)庫，提供環(huán)狀蛋白的序列、結(jié)構等數(shù)據(jù)，提供環(huán)化蛋白預測服務。

6. DB-PABP
  網(wǎng)址：http://pabp.bcf.ku.edu/DB_PABP/
  簡介：聚陰離子結(jié)合蛋白數(shù)據(jù)庫。聚陰離子結(jié)合蛋白與聚陰離子的互作在胞內(nèi)定位、運輸、蛋白質(zhì)折疊等生命過程中起重要作用，此外許多與神經(jīng)衰退疾病相關的蛋白質(zhì)均為聚陰離子結(jié)合蛋白。該數(shù)據(jù)庫提供已被鑒定的聚陰離子結(jié)合蛋白的數(shù)據(jù)，與NCBI蛋白數(shù)據(jù)庫存在交叉應用。

7. IUPHAR-DB
  網(wǎng)址：http://www.iuphar-db.org
  簡介：G蛋白偶聯(lián)受體、離子通道數(shù)據(jù)庫。提供這些蛋白的基因、功能、結(jié)構、配體、表達圖譜、信號轉(zhuǎn)導機制、多樣性等數(shù)據(jù)。

8. GLIDA
  網(wǎng)址：http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/
　簡介：G蛋白偶聯(lián)受體-配體數(shù)據(jù)庫，提供G蛋白偶聯(lián)受體-配體互作數(shù)據(jù)、配體數(shù)據(jù)、G蛋白偶聯(lián)受體數(shù)據(jù)、同源受體關系網(wǎng)、保守識別區(qū)，為新藥發(fā)現(xiàn)提供了支持。

9. LOCATE
  網(wǎng)址：http://locate.imb.uq.edu.au/
  簡介：哺乳動物蛋白質(zhì)亞細胞定位數(shù)據(jù)庫

10. InterPro
  網(wǎng)址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/
  簡介：蛋白質(zhì)綜合數(shù)據(jù)庫，從大量的數(shù)據(jù)庫中整合而成的包括蛋白質(zhì)結(jié)構域、蛋白質(zhì)家族、功能位點等信息的數(shù)據(jù)庫。

11. OKCAM
  網(wǎng)址：http://okcam.cbi.pku.edu.cn
  簡介：人體細胞粘附分子數(shù)據(jù)庫。

二、蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫
1. GELBANK 
  網(wǎng)址：http://gelbank.anl.gov
  簡介：提供全基因組的二維凝膠電泳圖譜，搜集了已知基因組信息生物的蛋白質(zhì)組二維凝膠電泳圖?？赏ㄟ^描述相對分子質(zhì)量、等電點和蛋白質(zhì)序列信息進行快速檢索。

2. SWISS-2DPAGE
  網(wǎng)址：http://www.expasy.org/ch2d/
  簡介：提供人類、小鼠、大腸桿菌、釀酒酵母、盤基網(wǎng)柄菌的2D-PAGE參考圖。

3. SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)
  網(wǎng)址：http://pimp.starflr.info/
  簡介：通過質(zhì)譜技術建立的蛋白質(zhì)突變數(shù)據(jù)庫。當?shù)鞍踪|(zhì)某一氨基酸殘基發(fā)生改變時，其質(zhì)譜圖也會發(fā)生改變，通過蛋白質(zhì)質(zhì)譜圖的改變，檢測與疾病相關的突變。

4. Sys-BodyFluid
  網(wǎng)址：http://www.biosino.org/bodyfluid/
  簡介：人體體液蛋白組研究數(shù)據(jù)庫。提供人體各種體液的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)，包括血漿/血清、尿液、乳汁、淚、汗液、唾液、骨髓液、腦脊液、胃液等。

5. BloodExpress
  網(wǎng)址：http://hscl.cimr.cam.ac.uk/bloodexpress/
  簡介：小鼠造血過程基因表達數(shù)據(jù)庫

6. CentrosomeDB(human centrosomal proteins database)
  網(wǎng)址：http://centrosome.dacya.ucm.es
  簡介：人體中心體蛋白數(shù)據(jù)庫

7. ConsensusPathDB
  網(wǎng)址：http://cpdb.molgen.mpg.de
  簡介：人類功能作用網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫，與多個數(shù)據(jù)庫有交叉應用，提供蛋白質(zhì)互作、生化反應、基因調(diào)控等作用網(wǎng)數(shù)據(jù)。

8. Proteome Analysis Database
  網(wǎng)址：http://www.ebiac.uk.proteome/
  簡介：蛋白質(zhì)組分析數(shù)據(jù)庫

9. HPRD(Human Protein Reference Database)
  網(wǎng)址：http://www.hprd.org/
  簡介：人體蛋白文獻數(shù)據(jù)庫

10. NOPdb
  網(wǎng)址：http://www.lamondlab.com/NOPdb3.0/
  簡介：核仁蛋白組數(shù)據(jù)庫

11. EndoNet
  網(wǎng)址：http://endonet.bioinf.med.uni-goettingen.de/ 
  簡介：細胞通訊網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫，提供激素、激素受體相關信息

三、蛋白質(zhì)互作、蛋白質(zhì)網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫
1. 3DID(3D interacting domains)
  網(wǎng)址：http://3did.irbbarcelona.org
            http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/
  簡介：搜集3D結(jié)構已知的蛋白質(zhì)的互作信息，可通過結(jié)構域名稱、基序名稱、蛋白質(zhì)序列、GO編碼、PDB ID、Pfam編碼進行檢索。

2. DOMINE
  網(wǎng)址：http://domine.utdallas.edu
  簡介：結(jié)構域互作數(shù)據(jù)庫。

3. PiSite(Database of Protein interaction sites)
  網(wǎng)址：http://pisite.hgc.jp
  簡介：以PDB為基礎，在蛋白質(zhì)序列中搜尋互作位點。

4. Binding MOAD
  網(wǎng)址：http://www.BindingMOAD.org
  簡介：致力于提供蛋白質(zhì)-配體晶體結(jié)構數(shù)據(jù)信息。提供結(jié)構已知的蛋白質(zhì)的相關配體，并附有詳細注釋，同時提供由實驗而得的親和力數(shù)據(jù)。

5. Phospho.ELM
  網(wǎng)址：http://phospho.elm.eu.org
  簡介：蛋白質(zhì)磷酸化位點數(shù)據(jù)庫

6. SuperSite
  網(wǎng)址：http://bioinformatics.charite.de/supersite
  簡介：蛋白質(zhì)中代謝物、藥物結(jié)合位點數(shù)據(jù)庫，提供結(jié)合機制、識別機制、保守結(jié)合位點等信息。

7. STITCH
  網(wǎng)址：http://stitch.embl.de/
  簡介：蛋白質(zhì)-化合物作用網(wǎng)數(shù)據(jù)庫

8. Reactome
  網(wǎng)址：http://www.reactome.org
  簡介：人體生命活動路徑與過程數(shù)據(jù)庫，提供生化過程網(wǎng)絡圖，并對參與其中的蛋白質(zhì)分子有詳細注解，與其他數(shù)據(jù)庫如UniPort、KEGG、OMIM等建立了廣泛的交叉應用。

9. PID(Pathway Interaction Database)
   網(wǎng)址：http://pid.nci.nih.gov
   簡介：由NCI和Nature共同創(chuàng)立，提供已知的人體細胞信號轉(zhuǎn)導、調(diào)節(jié)活動及主要細胞生命過的蛋白質(zhì)路徑網(wǎng)，可通過輸入某個分子名或代謝過程名稱進行查詢。

10. UniHI(Unified Human Interactome database)
  網(wǎng)址：http://www.unihi.org
  簡介：人體蛋白-蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫，可根據(jù)蛋白質(zhì)名稱、代謝路徑等進行查詢。

11. VirHostNet
   網(wǎng)址：http://pbildb1.univ-lyon1.fr/virhostnet/index.php
   簡介：病毒-宿主分子互作網(wǎng)數(shù)據(jù)庫，提供病毒-宿主蛋白質(zhì)互作信息及這些蛋白質(zhì)的相關注釋。可通過輸入基因、蛋白質(zhì)、路徑等關鍵詞進行查詢。

12. Bionemo(molecular information on biodegradation metabolism) 
  網(wǎng)址：http://bionemo.bioinfo.cnio.es
  簡介：搜集與生物降解代謝相關的蛋白質(zhì)、基因數(shù)據(jù)，包括蛋白質(zhì)序列、結(jié)構域、結(jié)構；基因序列、調(diào)控元件、轉(zhuǎn)錄單元等信息。除此之外還包括生物降解的代謝路徑圖、相關生化反應等。

13. PMAP
   網(wǎng)址：http://www.proteolysis.org
   簡介：蛋白質(zhì)水解路徑數(shù)據(jù)庫

四、蛋白質(zhì)三維結(jié)構數(shù)據(jù)庫

1. PDB(Protein Data Bank)
  網(wǎng)址：http://www.rcsb.org/pdb
  簡介：生物大分子結(jié)構數(shù)據(jù)庫，提供蛋白質(zhì)、核酸等生物大分子的三維結(jié)構數(shù)據(jù)、序列詳細信息、生化性質(zhì)等。

2. SARST (Structural similarity search Aided by Ramachandran Sequential Transformation)
  網(wǎng)址：http://sarst.life.nthu.edu.tw/ 
  簡介：高效的蛋白質(zhì)結(jié)構比對數(shù)據(jù)庫

五、蛋白質(zhì)基序數(shù)據(jù)庫

1. CDD(Conserved Domain Database)
  網(wǎng)址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
  簡介：蛋白質(zhì)的功能與其結(jié)構密切相關，一個蛋白質(zhì)的保守結(jié)構域在一定程度上體現(xiàn)了該蛋白質(zhì)的功能。CDD，蛋白質(zhì)保守結(jié)構域數(shù)據(jù)庫，收集了大量保守結(jié)構域序列信息和蛋白質(zhì)序列信息。檢索者通過CD-Search服務，可獲得蛋白質(zhì)序列中所含的保守結(jié)構域信息，從而分析、預測該蛋白質(zhì)的功能。 

2. Blocks
  網(wǎng)址：http://blocks.fhcrc.org
  簡介：蛋白家族保守區(qū)對比數(shù)據(jù)庫

3. CPDB(database of circular permutation in proteins)
  網(wǎng)址：http://sarst.life.nthu.edu.tw/cpdb
  簡介：蛋白質(zhì)環(huán)形序列重組基序數(shù)據(jù)庫。蛋白質(zhì)的環(huán)形序列重組(Circular permutation, or CP)可看作是原來的N與C端被接在一起，然后在另一處產(chǎn)生新開口。 雖然當前已有很多知名的蛋白質(zhì)家族被發(fā)現(xiàn)有CP成員，而且也有研究指出蛋白質(zhì)結(jié)構資料庫中可能存在著不少CP實例，高效率的CP搜尋工具卻很罕見。CPSARST提供了一套有效的CP搜尋工具。

4. MegaMotifbase
  網(wǎng)址：http://caps.ncbs.res.in/MegaMotifbase/index.html
  簡介：蛋白質(zhì)基序家族、超家族數(shù)據(jù)庫，提供已知基序的3D定位圖、轉(zhuǎn)角距等數(shù)據(jù)。

5. Minimotif Miner
  網(wǎng)址：http://mnm.engr.uconn.edu
  簡介：蛋白質(zhì)基序檢測數(shù)據(jù)庫，提供在蛋白質(zhì)序列中尋找基序的服務。

6. Pfam
  網(wǎng)址：http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam
  簡介：提供多序列比對服務和并提供共同的蛋白質(zhì)結(jié)構域的隱馬爾可夫模型。
  
六、預測類數(shù)據(jù)庫

1. InterPreTS(Interaction Prediction through Tertiary Structure)
  網(wǎng)址：http://www.russell.embl.de/cgi-bin/interprets2
  簡介：提供通過三級結(jié)構預測蛋白質(zhì)相互作用的服務，可輸入兩個蛋白質(zhì)的序列信息進行查詢。

2. Predictome
  網(wǎng)址：http://predictome.bu.edu
  簡介：預測蛋白質(zhì)間功能關系的數(shù)據(jù)庫。這些蛋白質(zhì)間的關系是基于將3種計算機預測法，即染色體相鄰法、系統(tǒng)發(fā)育譜法、結(jié)構域融合法應用與44個基因組上而得到的。  

來源：生物秀論壇